宗教神学把万物的起源归因于神，自然把政治的起源也归因于神，因而导致以宗教为政治的支柱，用精神现象说明政治现象的唯心主义，也必然把政治权力神圣化。马克思主义否定政治起源于神，认为社会的经济基础决定上层建筑，作为经济的集中表现和上层建筑组成部分的政治是由一定社会的生产力和生产关系构成的经济基础决定的。政治与宗教一样，在原始社会起源于该社会的经济基础，二者之间有着密切的关系，几乎浑然一体，表现为宗教与政治高度结合的神权政治。在阶级社会，随着社会分工的扩大，宗教与意识形态的其它形式和上层建筑的其它部门日益分离，与政治的界限也日益明显，逐渐沦为阶级斗争的工具。这是因为，宗教既是观念性上层建筑，又是体制性上层建筑，既可作为思想观念去影响群众，又可作为社会组织去统辖群众，从而容易为社会政治斗争的各方利用。宗教成为政治斗争和阶级斗争的工具，表现在它往往被统治阶级利用作为巩固统治秩序的精神支柱。

统治阶级利用宗教巩固自己的统治秩序，采取的主要形式有：把某一宗教定为全民性信仰的宗教，使其成为国教。国教在封建国家是十分普遍的现象。资产阶级革命后，宗教宽容和信仰自由逐渐被接受为现代政治的思想原则。宗教为统治阶级利用的另一形式是政教合一。政教合一是政权与宗教权合一的政治现象。在封建社会，各封建国家用国教作为统治思想，政教合一现象很普遍。资产阶级革命后，政教合一现象开始减少，但在某些国家和地区仍然不同程度地存在。1959年民主改革前的中国西藏地区就是政教合一的封建农奴制度。统治阶级对宗教的利用是把宗教当作使下层阶级就范的统治手段，以巩固统治为目的。

宗教与政治的关系，不但表现为它与统治阶级的关系，而且表现为它与被统治阶级的关系。在宗教是占统治地位的意识形态的社会中，被统治阶级的政治运动往往借用宗教观念，运用宗教语言，使政治运动披上宗教外衣，才能动员和组织民众。同时，一切革命的社会政治理论大体上必然就是宗教异端，所以异端常常与被统治阶级联系在一起，发展为以下层群众为主体的宗教运动。在基督教世界，异端运动往往通过宗教形式，或多或少地反映出奴隶、农民、平民或市民的社会政治要求，成为下层民众反抗统治阶级压迫的重要形式。

人类社会几千年的历史经历了许多政治变革、经济进步和社会变化，一些历史悠久的宗教经历了一切变故依然存在，究其原因，除了宗教作为意识形态具有相对的独立性之外，根本原因在于这些宗教为适应社会政治变化而进行了改革。宗教改革一般包括教义理论的改革和组织制度的改革，改革的动因在于经济基础与上层建筑的矛盾。16世纪欧洲的宗教改革运动是欧洲资产阶级反对封建制度的一次决战。这场运动除了造成一大批脱离天主教会的新教宗派外，还促进了欧洲各国的民族独立和资本主义制度的发展。

历史上一些伟大的变革常有宗教的变革相伴随。1949年中华人民共和国成立，中国的社会经济制度和政治制度发生了根本变化，中国的宗教也适应新的政治经济形势发生了变革。天主教、基督教内进行的反帝爱国运动割断了教会同帝国主义的关系，肃清帝国主义的影响，实行中国教会自治、自养、自传，独立自主自办教会。中国的佛教、道教、伊斯兰教则废除了宗教中的封建剥削和封建压迫制度。1959年在西藏开展的民主改革，废除了西藏社会的政教合一的封建农奴制度。中国宗教在20世纪50年代所发生的这些变化使各宗教组织与社会主义社会相适应，不再是帝国主义、封建地主阶级和官僚资产阶级控制和利用的工具，成为中国共产党领导下的爱国统一战线的组成部分。